千年前に作られた魑魅魍魎を祓う力を秘めた刀「神物」。

陰陽寮初等部5年・未陰クロトは、現代に引き継がれた「神物」の管理者の一人となってまだ日が浅い。

そのパートナーは「鞘の娘」と呼ばれる学園一の才女・陽野シロネ。

2人はある事件の捜査に呼び出されるが……?