復興庁拡張者対策局（EMS）より先に十三を見つけようとしていたオリビエ、セブンとエドムント。

しかしすでにEMSは十三の居場所を捉え、交戦状態に。

未だ暴走している十三のプログラムを停止させるには、背中にある安全装置を起動させなくてはならないのだが……!?